python matplotlib

python matplotlib es una biblioteca de visualización de datos en Python. Se utiliza para crear gráficos y diagramas en 2D y 3D, y se puede utilizar para representar una variedad de datos, como líneas, barras, histogramas, gráficos de dispersión, gráficos de contorno, gráficos de superficie y más. Es una herramienta muy útil para el análisis y la presentación de datos en Python.

Python
#comando para instalar matplotlib
pip install matplotlib

ejemplo básico de cómo graficar una función con Matplotlib en Python:

Python
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

# Definir la función a graficar
def f(x):
    return np.sin(x)

# Definir los valores de x
x = np.linspace(0, 2*np.pi, 100)

# Calcular los valores de y
y = f(x)

# Crear la gráfica
plt.plot(x, y)

# Añadir etiquetas a los ejes
plt.xlabel('x')
plt.ylabel('y')

# Mostrar la gráfica
plt.show()
python matplotlib
Python
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits import mplot3d

# Creamos datos de ejemplo
x = np.linspace(-5, 5, 100)
y = np.linspace(-5, 5, 100)
X, Y = np.meshgrid(x, y)
Z = np.sin(np.sqrt(X**2 + Y**2))

# Creamos la figura y los ejes 3D
fig = plt.figure()
ax = plt.axes(projection='3d')

# Graficamos la superficie
ax.plot_surface(X, Y, Z, cmap='viridis')

# Agregamos etiquetas y título
ax.set_xlabel('x')
ax.set_ylabel('y')
ax.set_zlabel('z')
ax.set_title('Gráfico 3D de una función sinoidal')

# Mostramos el gráfico
plt.show()
matplotlib python
matplotlib python

matplotlib python

Para visualizar el siguiente ejemplo se requiere instalar la siguiente libreria

Python
pip install biopython

Para futuros ejemplos instalar la libreria de requests

Python
pip install requests

ejemplo de secuenciación de ADN utilizando Biopython y matplotlib para graficar la calidad de los datos

Python
from Bio import SeqIO
import matplotlib.pyplot as plt

# Abre el archivo FASTQ de secuenciación
with open("SRR23513858.fastq", "r") as handle:
    # Itera sobre cada registro de secuencia
    for record in SeqIO.parse(handle, "fastq"):
        qualities = record.letter_annotations["phred_quality"]
        # Crea una gráfica de barras para la calidad de los datos de la secuencia
        plt.bar(range(len(qualities)), qualities)
        plt.title("Quality scores for sequence " + record.id)
        plt.xlabel("Base position")
        plt.ylabel("Phred quality score")
        plt.show()

Abre el archivo FASTQ de secuenciación, el archivo utilizado fue obtenido de https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/?view=run_browser&acc=SRR23513858&display=download

biopython
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2 comentarios

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